Az intézmény oktatási tevékenységének megfelelő működéséhez kialakításra kerültek oktatási szervezeti egységek. A négy fő területet 4 különböző intézet/központ koordinálja.
- Informatikai Intézet
https://www.uniduna.hu/oktatas/informatikai-intezet - Műszaki Intézet
https://www.uniduna.hu/oktatas/muszaki-intezet - Tanárképző Központ
- https://www.uniduna.hu/oktatas/tanarkepzo-kozpont
- Társadalomtudományi Intézet
https://www.uniduna.hu/oktatas/tarsadalomtudomanyi-intezet
