A Dunaújvárosi Egyetem alábbi szervezeti struktúra szerint működik.

Szervezeti struktúra (ORGANOGRAM) 

Szervezeti egységek

• Rektor
  • Oktatási és Általános Rektorhelyettes
    • Oktatási Igazgató
      • Tanulmányi Hivatal
      • Duális Képzési Központ
    • Nemzetközi Kapcsolatok Iroda
  • Tudományos és Kutatási Rektorhelyettes
  • Pályázati Iroda
  • Minőségirányítási Iroda
  • Oktatási szervezeti egységek
    • Műszaki Intézet
      • Anyagtudományi Tanszék
      • Gépészeti Tanszék
      • Természettudományi és Környezetvédelmi Tanszék
    • Informatikai Intézet
      • Szoftverfejlesztési és Alkalmazási Tanszék
      • Matematika és Számítástudományi Tanszék
      • Számítógéprendszerek és Irányítástechnikai Tanszék
    • Társadalomtudományi Intézet
      • Közgazdaságtudományi Tanszék
      • Vezetés-és Vállalkozástudományi Tanszék
      • Kommunikáció-és Médiatudományi Tanszék
    • Tanárképző Központ
• Kancellár
  • Közbeszerzés
  • Belső Ellenőrzés
  • HR és Jogi Iroda
  • Gazdasági Igazgatóság
  • Üzemeltetési és Szolgáltatási Igazgatóság
    • Informatikai Szolgáltató Központ
    • Műszaki Szolgáltató Központ
    • Könyvtár és Információs Központ
    • Kerpely Antal Kollégium
    • Családbarát Szolgáltató
• Rektori-Kancelláriai Hivatal
  • Kommunikációs Iroda
    • Komptencia Központ
• Vezető testületek
  • Szenátus
  • Konzisztórium
• Dunaújvárosi Felsőoktatásért Alapítvány
• DUE Sportegyesület
• Ecotech Nonprofit Zrt.
• Kerpely Kollégium és Oktatási Alapítvány
• Universitas Service Közhasznú Nonprofit Kft.